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As proteínas são macromoléculas presentes em todos os seres vivos e desempenham funções importantes, tais como manutenção de órgãos e tecidos, diferenciação celular, transporte, entre outras diversas finalidades. Várias proteínas, possuem a sua estrutura tridimensional resolvida e armazenada em bancos de dados biológicos, como o Protein Data Bank (PDB). Existem diversos softwares que trabalham com informações extraídas do PDB. Algumas dessas ferramentas, tem como função a verificação de similaridades entre estruturas proteicas. Um exemplo é o LSQKAB, que pertence ao pacote CCP4, e tem o seu funcionamento baseado no algoritmo de Kabsch, uma técnica frequentemente utilizada na área de bioinformática. Entretanto, a execução deste algoritmo demanda de um alto gasto computacional. Este projeto de pesquisa tem como objetivo desenvolver uma metodologia baseada em grafos, que verifique a similaridade de trechos de proteínas mais rapidamente que o LSQKAB, mas mantendo a mesma eficácia, e permitindo ainda o agrupamento de resíduos de acordo com as similaridades de seus valores de distâncias atômicas. Os primeiros experimentos foram realizados com arquivos de interações de pontes dissulfeto e os resultados preliminares são animadores.

Proteínas. LSQKAB. Grafos. Agrupamentos.